Tiere, deren Fleisch für die menschliche Ernährung verwendet werden soll, unterliegen vor und nach der Schlachtung einer amtlichen Untersuchung (sogenannte Schlachttier- und Fleischuntersuchung). Die Untersuchungspflicht bezieht sich auf Rinder, Schweine, Schafe, Ziegen, andere Paarhufer, Pferde, andere Einhufer, Kaninchen, Geflügel und in Gattern gehaltenes Haarwild. Für die Durchführung der Schlachttier- und Fleischuntersuchung werden Gebühren erhoben.

Die Schlachttieruntersuchung ist die Untersuchung der lebenden Tiere bei der Anlieferung am Schlachthof bzw. der Untersuchung des Schlachtgeflügels im Erzeugerbetrieb. Bei dieser amtlichen Untersuchung wird unter anderem auf sichtbare Anzeichen von Krankheiten geachtet, durch die eine Gefahr für den Menschen oder für Tiere ausgehen könnte (Zoonosen und Tierseuchen). Neben den tierseuchenrechtlichen Aspekten werden auch tierschutzrechtliche Belange kontrolliert. Hierzu zählen die Überwachung der Einhaltung der Tierschutztransport- und Tierschutzschlachtverordnung. Hier sind u. a. die Kontrolle der Beladungsdichte, das Abtrennen von Tieren oder Tiergruppen, die Art des Treibens eines Tieres, Anforderungen an den Stall und Bestimmungen zum tierschutzgerechten Betäuben und Entbluten zu nennen. Die korrekte Kennzeichnung der Schlachttiere (z. B. Schlagstempel, Ohrmarke etc.) wird ebenfalls vom amtlichen Personal während der Schlachttieruntersuchung geprüft. Weiterhin werden der Zustand und die Sauberkeit der Transportfahrzeuge kontrolliert sowie das ordnungsgemäße Reinigen und Desinfizieren nach dem Abladen. Dies beugt der Verschleppung von Krankheits- und Tierseuchenerregern vor. Des Weiteren wird die sogenannte Lebensmittelketteninformation abgeprüft, bevor die Schlachterlaubnis erteilt oder ggf. versagt wird.

Gemäß §10 Tierische Lebensmittel-Überwachungsverordnung, werden bei 0,5% aller Schlachttiere Stichprobenuntersuchungen (Rückstandsuntersuchungen) durchgeführt. Dies dient der Aufdeckung einer ggf. illegalen Anwendung verbotener bzw. nicht zugelassener Stoffe und der Überwachung des vorschriftsmäßigen Einsatzes von zugelassenen Arzneimitteln sowie zur Erfassung einer möglichen Belastung mit verschiedenen Umweltkontaminanten.

Bei der Fleischuntersuchung werden der Schlachtkörper und dessen Nebenprodukte auf die Genusstauglichkeit für den Menschen hin untersucht und beurteilt. Diese Tätigkeit wird von amtlichen Tierärzten und amtlichen Fachassistenten unter der Aufsicht des Tierarztes durchgeführt. Nach Abschluss der Untersuchung des Tierkörpers und der Organe wird dieser mit dem Genusstauglichkeitskennzeichen versehen. Das Genusstauglichkeitskennzeichen ist die amtliche Bezeichnung für ein EU-einheitliches Symbol, das auf amtlich geprüfte Schlachtkörper gestempelt wird. Es beinhaltet das Kennzeichen für "EG", den Mitgliedsstaat, für das Bundesland und die Betriebsnummer des Schlachtbetriebs (z.B. EG DE NI 12345). Der amtliche Tierarzt hat insbesondere dafür Sorge zu tragen, dass das Genusstauglichkeitskennzeichen nur an Fleisch angebracht wird, die der Schlachttier- und Fleischuntersuchung unterzogen wurden. Der Genusstauglichkeitsstempel ist das äußere Kennzeichen dafür, dass das Fleisch verkehrsfähig ist und der Lebensmittelgewinnung zugeführt werden darf. Gründe die zur Untauglichkeitsbeurteilung führen, sind z.B. Parasitenbefall, krankhafte Veränderungen, Abweichungen in der Konsistenz, unzureichende Ausblutung, Abmagerung etc.. Untauglich beurteiltes Fleisch wird unter amtlicher Aufsicht unschädlich beseitigt.

Auch die Untersuchung auf Trichinen beim Schwein und die Durchführung von Untersuchungen auf BSE (bei Rindern über 96 Monate) sowie die Überwachung der ordnungsgemäßen Entsorgung tierischer Nebenprodukte incl. der sogenannten Risikomaterialien (SRM) in Schlacht- und Zerlegungsbetrieben gehört zu den Aufgaben der amtl. Überwachung im Schlacht- und Zerlegebetrieben.

Neben den wichtigen Untersuchungsbefunden am lebenden Tier werden auch die Befunde des geschlachteten Tieres vom amtlichen Tierarzt erfasst und stehen anschließend dem Schlachtbetrieb und somit auch dem landwirtschaftlichen Erzeugerbetrieb zur Verfügung.

Durch die Trichinenuntersuchung aller geschlachteter Schweine, Pferde und Wildschweine soll sichergestellt werden, dass ein für den Menschen gefährlicher Parasit nicht im Fleisch enthalten ist. Ansonsten könnte dieser Parasit durch Verzehr des Fleisches auf den Menschen übertragen werden. Schweine (auch Wildschweine) und andere Tiere, die Träger von Trichinen sein können, unterliegen deshalb der amtlichen Trichinenuntersuchung. Wildschweine und Schweine aus Hausschlachtungen müssen bei dem für den Fleischuntersuchungslandbezirk zuständigen amtlichen Tierarzt oder amtlichen Fachassistenten zur Trichinenuntersuchung angemeldet werden.

Haarwild, das in freier Wildbahn erlegt wurde, muss zur Fleischuntersuchung angemeldet werden, wenn es in den gewerblichen Verkehr gebracht wird. Dies gilt nicht für Wild oder Wildfleisch zum eigenen häuslichen Gebrauch, zur direkten Abgabe kleiner Mengen (Jagdstrecke eines Tages) direkt an den Endverbraucher sowie für kleinere Mengen an örtliche Einzelhandelsunternehmer zur direkten Abgabe an den Endverbraucher. Diese Ausnahmen treffen nur zu, wenn keine gesundheitlich bedenklichen Merkmale am Tier oder Fleisch festgestellt werden.

Hausschlachtungen von als Haustiere gehaltenen Huftieren (Rind, Schwein, Schaf, Ziege und Pferd) unterliegen generell einer Untersuchungspflicht. Nach der Schlachttier- und Fleischuntersuchung darf das Fleisch ausschließlich im eigenen Haushalt des Besitzers verwendet werden. Die Anmeldung muss bei dem für den Schlachtort / Hausschlachtbezirk zuständigen amtlichen Fleischuntersuchungspersonal erfolgen.

Auch die Überwachung der Schlachtbetriebe mit mobilen Schlachteinheiten zum Zweck der Notschlachtung (hierbei handelt es sich um die Schlachtung frisch verletzter Tiere, z. B. mit Beinbrüchen) gehört zu den Aufgaben der amtlichen Tierärzte. Hierbei werden die Befunde aus der Schlachttieruntersuchung (incl. Begleitschein für eine außerhalb eines Schlachthofes erfolgte Notschlachtung eines frisch verletzten Tieres) und der Fleischuntersuchung abgeglichen und auf ihre Plausibilität geprüft.